Inadmisión del recurso de reposición por fuera del plazo

Presento MOD 303 4T con valores de IVA devengado superiores a los reales, dando un resultado a liquidar superior. Posteriormente realizo una solicitud de rectificación y devolución de ingresos indebidos.
Responden "PROPUESTA DE RESOLUCIÓN DE RECTIFICACIÓN DE AUTOLIQUIDACIÓN", que para valorar si procede a rectificar la autoliquidación que aporte, libros de facturas emitidas y facturas emitidas en el trimestre que pretenda rectificar les envío el libro de facturas emitidas pero digo que no tengo, y entiendo que tenía que adjuntar las facturas a rectificar. "ERROR" eran todas.
La siguiente contestación fue "ACUERDO DE RESOLUCIÓN RECTIFICACION DE AUTOLIQUIDACIÓN" me dicen que lo desestima porque les digo que no hay facturas emitidas. Tuve mala interpretación de la petición. Si que habían facturas.
Lo siguiente era recurso de reposición aportando de facturas emitidas pero llegué tres días tarde lo presenté extemporánea.
¿Qué debería hacer ahora?