Le transcribo lo que dice la agencia tributaria:
Si transmites tu vivienda habitual la ganancia patrimonial obtenida en la transmisión puede resultar exenta cuando el importe total obtenido por la transmisión lo reinviertas en la adquisición de otra vivienda habitual o en la rehabilitación de aquella que vaya a ser tu vivienda habitual.
La aplicación de la exención no opera automáticamente, sino que deberás manifestar la voluntad de acogerte a la misma y está condicionada a que tanto la vivienda transmitida como la adquirida o, en su caso, la rehabilitada tengan la consideración de vivienda habitual, así como a que la reinversión se efectúe en los plazos y condiciones establecidos por la ley.
La reinversión del importe obtenido en la enajenación deberá efectuarse, de una sola vez o sucesivamente, en un período no superior a dos años, contados de fecha a fecha, que pueden ser no sólo los posteriores sino también los anteriores a la venta de la anterior vivienda habitual.
La reinversión no se efectúa fuera de plazo cuando la venta se hubiere efectuado a plazos o con precio aplazado, siempre que el importe de los plazos se destine a la finalidad indicada dentro del período impositivo en que se vayan percibiendo.
En el caso de que el importe de la reinversión fuera inferior al total obtenido en la enajenación, solamente se excluirá de gravamen la parte proporcional de la ganancia patrimonial que corresponda a la cantidad efectivamente reinvertida en las condiciones señaladas anteriormente.