¿Cómo legalizar un casa con 26 años de antigüedad construida sin permisos ni proyecto?

La situación inicial era la siguiente:
- Vivienda en construcción con 26 años de antigüedad construida sin permisos ni proyecto.
- Dicha construcción está ubicada en suelo urbano y cumple todas las normativas municipales y autonómicas.
- La estructura y cubierta están terminadas, así como los cerramientos exteriores.
Mi intención es legalizar dicha casa y finalizar su construcción, para lo cual me han solicitado un certificado de antigüedad y toda la documentación que pudiese justificar dicha antigüedad (se han presentado actas de concentración parcelaria en las que figura la edificación).
En la actualidad me encuentro en la siguiente situación:
- Un arquitecto nos ha realizado el certificado pertinente, acreditando la antigüedad.
- Se han tramitado los papeleos oportunos en la notaría para declarar una obra nueva e inscribir la casa en el registro.
- Se ha registrado la casa.
Todas estas actuaciones se han hecho de acuerdo a la información facilitada por la asesoría/gestoría y por el Ayuntamiento. Según unos y otros esto sería lo que se precisaría para legalizar la construcción actual y poder solicitar posteriormente una licencia de obras para terminar la vivienda.
Se realiza un proyecto básico para la obtención de la licencia de obras y se procede a solicitar dicha licencia, el técnico municipal que se encarga del tema nos llama para corregir un par de detalles del proyecto y para comunicarnos que antes de nada debemos realizar un proyecto de legalización de la vivienda.
¿Cuál es la realidad sobre el tema? Nos resulta extraño que tanto la asesoría como las personas encargadas de estos temas en el Ayuntamiento nos dijesen una cosa y ahora el técnico otra. En su momento se insistió mucho para cerciorarse de que estos eran TODOS los trámites precisos para legalizar y ahora nos encontramos con esta situación inesperada que trastoca seriamente nuestros planes. ¿Qué pasos podemos seguir ahora?