El pago de impuestos se hace sobre el costo real y efectivo de las obras, en general el presupuesto del proyecto es inferior al real de obra, por lo que al final de obra los ayuntamientos (al menos los de mi zona) te hacen la liquidación final del impuesto, para ello te "regularizan" la licencia para lo que te hacen ellos unos números reales, o te exigen la presentación de todas las facturas (te aconsejo que guardes hasta la última factura porque hacienda esta dando mucha caña).
Por tanto como tu caso es anormal, si te argumentan algo acerca del presupuesto del proyecto, siempre puedes alegar que deben regirse por el del contratista, ya que se podría regularizar.
Si insisten en hacerlo por otro sistema siempre podrás reclamar el exceso de impuesto cobrado si demuestras al final que tu obra costo menos que el presupuesto usado para el cálculo. Pero claro eso sería al final.
En mi vida he visto un presupuesto de obra real menor que un presupuesto de proyecto calculado con las tablas de los colegios, por eso te preguntaba si incluia todo, porque a veces dicen, es más barato, pero cuando lo analizas resulta que no esta esto o aquello, porque me lo hago yo, o mi hermano, o similar y eso no se puede extraer del impuesto.