Retención en facturas

Hola experto:
Trabajo en una empresa de construcción y tengo un pequeño lío sobre cómo hacer las facturas con retenciones, porque algunas empresas con las que trabajamos me dicen que la retención se hace sobre la base y el total factura es base+iva aunque se pague esto menos la retención, sin embargo otras me dicen que en el total factura tiene que aparecer bae+iva-retención.
Rogaría me lo aclarases
Muchas gracias