No puedes contabilizar esos ingresos.
En la cuenta de la empresa solamente pueden ingresarse dinero proveniente del tráfico de la empresa (sus ventas, el abono que nos hace un proveedor por, por ejemplo, una devolución, cosas así). O bien los ingresos por operaciones financieras o, que se me ocurra a mí, derivados de la ampliación de capital.
Así las cosas, si los ingresos no provienen del tráfico de la empresa y no corresponden a una ampliación de capital, solamente te queda que sean operaciones financieras. Si es un ingreso, es porque alguien le ha dejado ese dinero a la empresa. ¿Me sigues?
Tu única opción, veo yo, es que sean préstamos que realiza el socio a la sociedad. Así lo explicas y es creíble. Pero eso no se puede hacer al margen de la ley, esos préstamos se consideran operaciones vinculadas, y se entienden realizadas a precio de mercado. En este caso, al ser préstamos, deben devengar intereses y, consecuentemente, liquidar las retenciones de IRPF correspondientes.
Eso o decirle a la Agencia Tributaria que es dinero que os encontráis cada mañana en la papelera de la oficina, y que por no tirarlo lo ingresáis, pero que no sabéis de donde viene... y aún así deberías pagar impuestos por ello!
Las Leyes para la prevención del blanqueo de capitales han cortado de raíz cualquier posibilidad de manipulación en casos como éste. Ya te digo, ante la duda se presumirá que son operaciones fraudulentas y corresponderá a la empresa demostrar que no lo son, y si no tenéis justificación, es complicado.
NO se si te va a servir de algo lo que te digo...