Lo tienes muy complicado. No hay un procedimiento para arreglar las cuentas después de un periodo en el que no se han llevado las cuentas. Eso no existe. Y está claro que la legislación no contempla vacaciones contables para ninguna sociedad, las cuentas hay que hacerlas como toca ejercicio a ejercicio, y en el arrastre de los saldos a través de los ejercicios tendrás el balance de apertura de 2013.
Dicho esto, ¿cómo lo haces? Yo valoraría si vale la pena regularizar todo el proceso contable y fiscal de la empresa, ya que si no se ha llevado la contabilidad o se ha hecho de forma poco rigurosa (como indicas) es posible que cueste más la solución que el constituir una nueva sociedad y arrancar bien y desde cero.
Si no es viable lo anterior, no te toca más que hacer el trabajo que en su día no se hizo, o se hizo mal. Tienes que hacer las contabilidades completas de los años que tengas mal o que no tengas contabilidad, e ir viendo si haces el depósito de las cuentas en el registro mercantil, si te toca presentar complementarias de los impuestos y demás situaciones análogas que se puedan dar por no haber hecho las cosas bien. Es un currazo que además va a costar dinero, seguro.
Habla con gerencia y valorad las dos opciones. A veces el empeño en mantener una sociedad es más sentimental que otra cosa, pero los sentimientos en cuestión de empresas tienen un precio, y a veces bastante reducido.