Contabilización de la retribución de autónomos como gasto de la sociedad

Haces una declaraciones complementarias de los años que están mal y luego generas el asiento de pago en 2011. Que es cuando pagas la deuda + intereses de demora.

Si no le has descontado el importe a los autónomos de la sociedad dejalo como gasto. No tendrás problemas en cuanto al Impuesto de Sociedades, en todo caso lo tendrás en cuanto a IRPF. Si quieres arreglarlo tendrás que rehacer los modelos 110 de todos los trimestres de esos años.
La verdad si no has tenido una inspección dejalo así y espera a ver que si Hacienda es capaz de detectarlo.
Si se lo descontastes, entonces si que debes realizar un asiento de regularización en el 2010 contra la cuenta de Balance donde esté el descuadre. Deberías modificar las declaraciones del IS de los ejercicios 2008 y 2009. Si el importe no resulta muy significativo respecto a tu cuenta de resultado no rehagas dichos impuestos y decláralo en el 2010.

La forma legal de arreglarlo es la siguiente:
Contablemente se debe hacer en el primer ejercicio que se pueda el asiento correspondiente a la regulación, al Debe de la 113-Reservas voluntarias, si hay saldo suficiente (si no hay saldo en esa cuenta se utilizará la 121), por el importe a corregir y al Haber de la 642-Seguridad social a cargo de la empresa o la cuenta que en su día recogió el gasto.
Fiscalmente habría que hacer las declaraciones sustitutivas de las presentadas en 2008 y 2009 del IS, con el problema que ello conlleva de sanciones y posible inspección, y en ese caso no tener en cuenta el asiento de corrección realizado para no duplicar beneficios.
En la práctica nadie suele hacer declaraciones sustitutivas del IS. Lo que se hace es declarar esos gastos como beneficios en el ejercicio que se corrige, es decir, tener en cuenta el asiento de corrección, que disminuye gastos y por tanto aumentará la base imponible del impuesto. Mientras tanto cabe esperar que no se tenga ninguna inspección.