Herencia con "trampa"

Vamos a ver, varias preguntas:
1.- Son realmente dos pisos con dos referencias catastrales o es solo un piso con una referencia catastral
2.- En el caso de ser dos pisos. ¿Por qué la has pasado una habitación al otro piso?
3.- Lógico es, que el catastro no tenga NI IDEA de la modificación, cuando se hace algo así hay que pasar por el notario para declarar que el piso A tiene una habiacion menos y el piso B tiene una habitación más.
4.- A que impuestos te refieres. ¿Al ISD?

Se trata de dos pisos colindantes, con dos referencias en el catastro, al morir se deja un piso a cada uno "con la división existente en el momento del fallecimiento", inicialmente entendimos que cada uno heredaba lo existente a simple vista, con los cambios que sobre las propiedades originales realizó la fallecida, pero luego Hacienda me cobra impuesto de sucesiones por parte de un piso que inicialmente no es mio, aunque ellos dicen que catrastralmente es mía una referencia catastral y que si no hubo modificaciones registrales yo he heredado la habitación que ahora está en el piso del familiar. Además parece que no podría vender el piso ya que lo que tengo como propiedad cierta no concuerda con la referencia catastral y para vender necesito, parece ser, permiso de la comunidad de vecinos y del Ayuntamiento para poder registrar los cambios. Otra opción es entender que legalmente los cambios no han sido inscritos, pagar los impuestos por la propiedad catastral y solicitar a mi familiar la devolución de la habitación, que en ese caso entiendo como mía.
¿Si pago los impuestos de la propiedad reflejada en el catastro, la propiedad pasa a ser legalmente mía aunque tenga que hacer obra para recuperar la habitación?, ¿Hay alguna forma de hacer entender a Hacienda que lo realmente heredado no es lo que parece o tenemos que volver las propiedades a su punto de partida sin otro remedio?
Muchas gracias

Y en que momento paso una habitación de un piso al otro, antes o después del fallecimiento.

Varios años antes de la muerte, pero medinate una reforma sin licencia de obras y como hemos comentado antes, sin cambio registral o catastral.

Pues esa situación la tienes que arreglar inmediatamente.
Te explico:
Si quieres quedarte en esta situación te va ha costar una pasta, por que tienes que contratar a un arquitecto para que te valide el cambio. Una vez que este todo correcto debéis pasar por el notario y luego por el registro para que os modifiquen el catastro. A todo esto teniendo en cuenta que tenéis 6 meses para hacer efectivo el ISD desde el momento del fallecimiento.
O bien que te devuelva la habitación, que estas en tu derecho de reclamarla, y ya esta. Esta opción es la más barata. Y cómoda, por que contratáis a un albañil que os haga la obrita y ya esta.