Perdona por el retraso.
Al leer que era una vivienda heredada supuse que lo era por uno de los dos. Si ya estaba a nombre de ambos, o bien los dos la heredasteis o bien ya se hizo la incorporación a gananciales.
Si los 7000 euros que dices de plusvalía son la ganancia patrimonial, entonces pagarás 1750 por ellos, 875 cada uno, y la deducción que os corresponde por 9000 euros, a cada uno también, es superior, así que no te saldrá a pagar.
Es correcto lo que dices en cuanto que desgravaréis cada uno el 15% de 9000 euros, siempre que entre los dos hayáis cancelado hipoteca por lo menos por 18000.
El plantearlo ahora de otra forma no es posible; es entre la venta y la cancelación cuando se pueden hacer planteamientos, ahora, una vez hecho todo, no tienes más camino que contabilizar bien la ganancia, reuniendo todos los papeles de gastos que incrementen la adquisición, registro, notaría, plusvalías, etc, y todos lo que minoren la venta, como por ejemplo la plusvalía municipal o si la vendisteis por agencia, la factura por la comisión de ésta. Ahí no entraría ningún gasto relacionado con vuestra hipoteca, pues no es el mismo acto.