¿Incremento o pérdida patrimonial?

Pues tus dudas no son ninguna tontería. En primer lugar una cosa es la carga (hipoteca) que tengas en el piso y otra muy distinta el valor de adquisición. Aunque en este caso entiendo que sí coincidirá porque tu mujer se habrá endeudado por el valor que tenía que darle a su ex marido y más o menos será la valoración. En la sentencia de separación aparecerá la valoración del inmueble y este será el que tengáis que tener en cuenta para el precio de adquisición, independientemente de la hipoteca que tenga, si tu mujer hubiera tenido dinero de su bolsillo no habría hipoteca, pero sí un valor del piso y del que compra el otro 50% que correspondía a su ex marido.
Por otro lado ten en cuenta que si tenéis 217.000 euros de hipoteca y lo vendéis por 210.000 euros vais a tener que poner 7.000 euros de vuestro bolsillo, ya que el piso tiene que estar libre de cargas en el momento de la venta. Por lo que dices desde luego no existe ninguna ganancia patrimonial, sino pérdida, pero este depende del valor que se indique en la separación y del valor de venta que indiquéis en escritura y la diferencia será la ganancia o pérdida. De todas formas con el 50% que ya tenía tu mujer no sabría exactamente como computa, esto deberías preguntarlo en hacienda por si acaso.