Descuentos baja enfermedad y accid. Convenio Comercio

Soy pensionista por enfermedad de la espalda desde el 2002 y cobro una pensión total del 55 %, que me permite trabajar en otra cosa disinta al trabajo de soldador.
Desde 2003 trabajo con una grúa móvil de gran tonelaje en una empresa de alquiler de maquinaria y material para construcción sujeto al convenio de comercio, con contrato indefinido .
Estuve de baja por accidente laboral 6 meses de 9-06 a 2-07 inclusive por rotura de menisco con operación .
Y el 2-7-07 caí de baja por enfermedad con hospitalización desde el primer día durante 20 días y operación de fijación de vertebras en la espalda .
A día de hoy sigo de baja y he pasado Tribunal Medico, que aún no ha resuelto nada sobre mi situación de incapacidad .
Tengo ya reconocida minusvalía del 36 % por el Imserso .
Y según el citado Convenio de Comercio :
Artículo 19º.-Prestaciones de incapacidad temporal.
El salario a percibir durante la situación de incapacidad temporal se fijará de acuerdo con las siguientes reglas:
A) Si la incapacidad temporal se deriva de accidente de trabajo o enfermedad profesional, o riesgo durante el embarazo, se percibirá desde el primer día de baja y con un plazo máximo de dieciocho meses, el 100% del salario, siendo a cargo de la empresa las cantidades necesarias para completar las prestaciones de la Seguridad Social hasta alcanzar dicho porcentaje.
B) Si la incapacidad temporal se deriva de enfermedad común o accidente no laboral, la empresa complementará las prestaciones de la seguridad social, a partir del cuarto día, hasta alcanzar el cien por cien del salario mensual. En los casos de este apartado en que exista hospitalización se abonará el cien por cien del salario desde el primer día de hospitalización.
Y analizando mis nominas anteriores a ambas bajas y las posteriores hasta ahora me encuentro que hay cálculos distintos ; es decir
En las nominas de antes de la baja el salario viene reflejado como una cantidad fija de salario base
y luego se suman los complementos como son :
Diferencial garantizado
Mejora voluntaria
Plus de disponibilidad
Manutención
Parte de pagas extras,
Y gratificacion discreccional
Y despues aplican los descuentos de SS IRPF, Formacion Profesional y Desempleo
y debido a esos complementos tenia un salario muy superior al salario base .
En las nominas durante la baja pone enfermedad : y 30 ó 31 días según el mes, ¿multplicados por 95,40? Siempre, pero el resultado de esa multiplicación me lo ponen con el 25 % descontado,, es decir que cobro el 75 % de ese concepto "enfermedad" y no el 100 % como leo que me corresponde en el Convenio del Comercio
no hay complemento alguno
y de ahí aplican los descuentos de IRPF, SS, Formación y desempleo.
Si el contrato, que repito se rige por el convenio de comercio, no tiene como parece clausula alguna especial .
¿Puedo reclamar a la empresa ese 25 % que me han descontando todos los meses durante los periodos de baja?

Por otro lado quisiera consultar :

Sí caso que se me deniegue la incapacidad absoluta por el Tribunal Medico, se me puede mejorar la pensión de incapacidad total que ya tengo calculándola con las bases de cotización de los últimos años
, que son más elevados, algo que me han comentado se define como revisión de la pensión con actualización que me privaría de desarrollar también este oficio de gruista y me permitiría otros trabajos compatibles con esta lesión.
Un saludo .