Retención ¿Ilegal? De IRPF en la nomina

El 16 de marzo de éste año empecé a trabajar con un contrato de 3 meses, con el convenio regulador del transporte de la Comunidad de Madrid (ésto no estoy muy seguro que se llame exactamente así, no tengo ahora aquí el contrato), el 16 de junio me renuevan por otros 3 meses más (hasta el 15 de septiembre)
El primer día que firmé el contrato me indicaron que por el convenio tenían que retenerme un 2% de IRPF y si quisiera que me retengan más que tenía que firmar un papel no obligatorio en el que ponía que autorizaba a la empresa a que me retuviesen el porcentaje que yo pusiera
Posteriormente cobro la paga extra el ventitantos de julio y el penúltimo día de mes mi sueldo correspondiente a julio, no pagaron la extra junto con la nómina, así que les pedí la "nomina" de la extra para tenerla yo, al dármela compruebo que en la extra me retienen un 8% de IRPF en lugar de un 2% como venían haciendo hasta ahora, se lo digo a la persona de RRHH y me dice que parece que está mal porque no hemos firmado el acuerdo de retención distinto al 2% así que lo hablará con su jefe
Lo habla con el jefe y dice que ponga lo que ponga en la "nomina" de la extra que si me han ingresado bien el dinero en mi cuenta, debatimos que no y me dice que le mande el justificante de mi banco donde está el ingreso y que si está mal me lo ingresan (para darme largas porque ellos podían ver el ingreso que me hicieron), lo busco y se lo doy, en el que aparece efectivamente lo mismo que pone en la "nomina" de la extra, es decir me han ingresado reteniendo un 8%
Como parece que no tiene escapatoria es cuando me cuenta lo que a mi me parece una película de indios, o por lo menos es la sensación que me da según iba aconteciendo las cosas, me dice que la retención es porque llevo 6 meses y era para compensar cuotas anteriores, le digo que hasta el 16 de septiembre no hago los 6 meses y entonces rectifica con cara de ignorancia y dice entonces por 3 meses, le digo que entonces tendría que ser en la nómina de junio y no en la extra de mediados de julio y le da la vuelta a la toritilla contándome que es que está también la ayuda de Zapatero del IRPF y que da la casualidad que lo que quitan y lo que ponen es un 2% exacto y la verdad que ya dejé de escucharla, la pedí que me lo diera por escrito y dice que si que se lo pedirá a su jefe para que me lo mande por escrito y después de una semana todavía estoy esperando... Se lo pido todos los días para ser pesado pero siempre me dice que no se lo han mandado (ni me lo mandaran pienso yo)
Lo primero pedir disculpas por extenderme tanto, pero creo que si tienes los mayores datos posibles podrás ayudarme mejor, lo segundo, ¿es legal la retención que me han hecho? ¿Qué puedo hacer sino me da la explicación por escrito? ¿Tengo razón en que me tienen que ingresar el 6% que me han retenido de más? ¿En ese caso como debo actuar?
¿Lo qué me han incresado de menos por la retención son casi 40?, así que si estoy luchando tanto por esa cantidad imaginate que no puedo ni pagarme un abogado o hacerme socio de algún sitio para que me ayude...