¿Qué pasa con las vacaciones si estas de baja?

Pues normalmente, si ya estaban fijadas y coincide con la baja se pierden, pero si no estaban fijadas o comunicadas con al menos 2 meses de antelación, entionces no se pierden. Pero claro, si ya pasa de enero del año siguiente, ya no hay donde colocarlas, y el estatuto establece que no se pueden acumular de un añoa otro, y que está prohibido pagarlas, por lo que me temo que al estar de baja las vacaciones del 2008 no las habrás tenido ni te las darán.
Aunque a veces por convenio, se establece que si se está de baja se compensen más adelante, pero para ello ya deberías consultar tu convenio, por ley, del estatuto, es lo que te he comentado.
Si no sabes tu convenio, mira en tu contrato de trabajo donde obligatoriamente ha de poner el convenio al que os acogéis.

Las vacaciones o se disfrutan o se pierden, no se pueden pagar, salvo situaciones excepcionales como finalización de contrato, por lo tanto si continuas de baja hasta febrero las vacaciones de 2008 ni las puedes disfrutar ni te las pueden pagar.
Sin embargo el próximo año, si te concedieran una incapacidad y liquidaras con la empresa en el finiquito tendrían que pagarte las vacaciones devengadas durante el 2009.