Consulta sobre nómina

Aprovecho esta ocasión para hacerle la siguiente pregunta:
En mi trabajo hay personas que tienen contratos fijos y otras con contratos por tres o seis meses, pero con antigüedades de hasta varios años. Hasta hace dos meses no teníamos las categorías actualizadas y teníamos pactado un salario mayor que el que se reflejaba en la nómina. El importe de la nómina era ingresado en la cuenta bancaria y el resto se nos abonaba en metálico. Ahora la empresa decidió poner a cada uno la categoría real e incluir todo en la nomina, eliminando la entrega en metálico. Como hay operarios que aun con la nueva categoría no llega al salario pactado se le han incluido dietas en la nómina para alcanzar el importe. Hasta ahí todo más o menos bien. El problema llega con las retenciones de IRPF. Operarios que tenían un 9% han pasado al 0. Otros se les ha subido al 14. Operarios en las mismas condiciones tienen diferentes porcentajes, etc. Esto ha creado un clima de descontento porque aunque nos respetan el salario, al tener menos retención cobramos menos porque nos devolverán menos a la hora de hacer la declaración de la renta. La empresa dice que como los contratos no son fijos pues hay que calcular el IRPF trimestralmente y hacer el computo por todo el año. Este es todo el problema que tenemos ya que pensamos que lo único que ha cambiado es la categoría y el importe (que tampoco es tanta diferencia con lo anterior)y son muchas las variaciones. Agracedería me informaran sobre este tema, cómo se calcula, qué podemos mirar, etc. Tenemos el programa para el cálculo de la retenciones que da Hacienda, pero no estamos seguro cómo utilizarlo. Perdón por lo extenso del mensaje y muy agracedido por su atención.