He visto un caso parecido, debe demandar a la empresa (y al Fondo de Garantía Salarial porque es muy probable que no cobré por la empresa) por impago del sueldo de estos 2 meses. Aunque el empresario no comparezca el juicio se celebrará igual y si no paga, usted cobrará por el FOGASA.
Los sueldos los cobrará al cabo de 3 años si ha de pagar el FOGASA, por otra parte si es cierto que el empresario a huido también pondría una demanda por extinción de la relación contractual. Ya que es muy probable que usted siga trabajando sin que le paguen.
Lo más probable que pase es que usted tenga que solicitar al FOGASA los sueldos impagados hasta la sentencia o extinción contractual por vía judicial y que tenga que solicitar la extinción del contrato también por vía judicial para poder cobrar el desempleo y la correspondiente indemnización por despido improcedente.
Le recomiendo que ponga en manos de un abogado o graduado social su caso lo más pronto posible.