¿Autónomo?

Hola buenas tardes, me gustaría si puede ser que me aconsejaseis sobre un problemilla. Resulta que deje de ser autónomo en 1999 dándome de baja en hacienda, actualmente esoy trabajando para una empresa y desde hace 2 meses me encuentro en la nomina una retención y al ir e ver de que se trataba me dijeron que desde el año 1999 hasta hoy no he pagado el autónomo le explique y demostré que que ese fue el año que me di de baja y me dijeron en la s.s. Que tenia que llevarles eun papel de hacienda demostrándolo, lo hice tal y como me dijeron y al llegar a la s.s me dijeron que eso no valía y hoy en día me suiguen descontando de la nomina y ya no se que hacer ni donde acudir para demostrar todo esto.rogari que me dierais una pequeña ayuda para solucionar esto por favor. Reciban un cordial saludo