¿Es justo que mi abogado cobre un porcentaje de los intereses que generó mi indemnización?

Cobrar un %, llamado “cuota litis”, está prohibido por el Código Deontológico de la Abogacía, aprobado por Real Decreto 658/2001, de 22 de junio Aprobado en el Pleno de 27 – IX – 02 Y Modificado en el Pleno de 10 - XII –02. En su Preámbulo el Código Deontológico dispone que "La “cuota litis”, en cuanto asociación y
Participación con el cliente en el resultado del pleito, pone en riesgo la independencia
Y la libertad del abogado que deja de ser defensor para convertirse en socio de su
Cliente en pos de un resultado material, lo que, además de adulterar la función de la
Defensa, provoca el desamparo o discriminación de los ciudadanos que han de
Reivindicar derechos de escasa entidad patrimonial o cuya tutela resulta dificultosa." De este modo el art.. 16 ha quedado literalmente así:

Artículo 16.- Cuota litis:
*Suspendido de vigencia y eficacia por acuerdo del Pleno del Consejo
General de la Abogacía Española de 10 de diciembre de 2002.

Ahora bien, debo indicarte que el mismo Código Deontológico dispone en su Artículo 13.- Relaciones con los clientes, apartado 9. El Abogado tiene la obligación de poner en conocimiento del cliente, incluso por escrito, cuando éste lo solicite del mismo modo:
b) Importe aproximado, en cuanto sea posible, de los honorarios, o de las bases para
Su determinación.

Es decir, tenía la obligación, aunque sea verbalmente, de haberte indicado el importe aproximado. Pero como dices que hubo recursos, éstos encarecen los procesos. Los colegios de abogados tienen unas tablas orientativas de honorarios para cada asunto. Por ejemplo un recurso contencioso administrativo ordinario sale en 1.500€, los recurso valdrán otra cantidad, aunque dependerá de la complejidad del asunto que te salga más o menos caro, pues sin el asunto es simple se podrá negociar a la baja y se es complejo al alza.

Infórmate en el colegio de Abogados.