Intento aconsejar desde el sentido común y la ley, aunque su caso está siendo más complejo de lo que suelen ser este tipo de consultas. Además, tenga en cuenta que no he visto ningún documento ni siquiera en borrador, por lo que mi opinión siempre tendrá que ser tomada con cautela.
Cualquiera de las dos opciones que usted tiene delante son perfectamente válidas. Con el contrato de alquiler con opción de compra, usted sigue siendo el propietario (para lo bueno y para lo malo), lo cual es una ventaja. El que lo tiene peor es el inquilino-optante, que tiene que confiar en que la operación podrá llevarse a cabo algún día sin perder su dinero.
La escritura pública aporta más seguridad al comprador, pues cumpliendo con lo pactado sabe que no tendrá problemas y nadie le podrá arrebatar su propiedad.
Dicho todo lo anterior, creo que la respuesta no hay que buscarla tanto en la forma como en el fondo. Es decir, en las prestaciones económicas. Por ejemplo, en el caso de alquiler ¿han pactado que las rentas pagadas sean a cuenta del precio? ¿Se pacta una cantidad aparte por gozar de la ventaja de la opción? Si no es así, a usted no le interesa. Quiero decir que conceder una opción de compra sin que la contraprestación que usted recibe no sea superior a la del arrendamiento, no tiene sentido. Dicho de otra forma: ceder el inmueble en arriendo tiene un precio "x" y conceder una opción de compra tiene otro "y". La suma de ambas prestaciones es la que usted ingresará si se hace alquiler+opción. No estoy seguro de estar explicándome bien, pero lo que intento transmitirle es que lo que realmente tiene usted que valorar es lo que ganará o ingresará en uno u otro caso. Y si no hay diferencia, entonces quédese con el contrato privado.