Indemnización por despido improcedente rebajada

Buenas tardes. He llegado a un principio de acuerdo de despido improcedente por parte de la empresa, flexibilizando la indemnización por mi parte a cambio de no llegar al juicio y anticipar mi salida. En vez de los 45 días, hemos pactado 40. ¿Puede suponerme algún problema el hecho de que la indemnización no sea la regulada? Es decir, no sé si puede llegar a entenderse que supone un pacto entre las partes, con lo cuál la indemnización pueda llegar a considerarse no exenta en IRPF y a su vez puedan denegarme el subsidio de desempleo.
Gracias,