Facturar baja autónoma

La confusión de entender al autónomo como una actividad económica es muy frecuente y habitual, así que me permito explicárselo.
Ser autónomo se refiere al hecho de estar incluido en el RETA de la S. Social (Régimen Especial de Trabajadores Autónomos), lo cual no significa tener una actividad económica por cuenta propia.
Están obligados a pertenecer a este RETA las personas físicas que realizan actividad económica por cuenta propia, los familiares del mismo que trabajen con él hasta segundo grado de parentesco, y por otro lado también se incluirán obligatoriamente en el RETA los socios trabajadores y administradores de sociedades mercantiles, siempre que el administrador tenga como minino el 25% de participaciones sociales y el socio trabajador, que sin ser administrador, tengan el 33% de participaciones sociales de la mercantil. Si no se tienen estos porcentajes se estará en Régimen General de ASIMILADOS, igual que un trabajador pero sin derecho a desempleo, y fogasa.
Por tanto Vd. no puede facturar ya que no realiza actividad económica por cuenta propia, Vd. es RETA por ser administrador de una mercantil.
Por otro lado, cuando un autónomo (RETA) está de baja médica y solicita la prestación económica por I.T- incapacidad temporal, deberá junto con la solicitud de cobro de la prestación, presentar un escrito en el que se informa a la S.Social de quien le sustituye en sus funciones durante el periodo de baja, o informar que durante el periodo de baja no habrá actividad en su negocio y por tanto permanecerá cerrado.
Normalmente si Vd. tiene trabajadores basta con indicar a cualquier trabajador que le sustituye, o algún otro socio que también sea autónomo (RETA).
Aunque Vd. se dedique a un negocio de internet, al dar de alta la mercantil habrá comunicado de un domicilio social, por lo tanto dicho domicilio social es donde realiza su actividad el administrador, por lo tanto durante el periodo de baja el administrador no puede estar en el domicilio social de la empresa, salvo que sea un domicilio particular, en tal caso no tendrá ningún problema.

Muchas gracias por la aclaración, me ha quitado un montón de dudas. Así, por lo que entiendo, la actividad económica la realiza la sociedad, por lo tanto es ella y no yo quien tiene que facturar; y en caso de baja laboral mía, me puede sustituir mi socia, que es capitalista y tendría que darse de alta en autónomos el tiempo que yo esté de baja.El domicilio social es mi domicilio particular, pero por lo que comentas no es problema.
Gracias otra vez