Cálculo de la nómina por 2 días de baja

En el contrato tengo 12 pagas mensuales con lo cual la paga extra va prorrateada cada mes, cobrando la parte proporcional.
El problema que tengo es que resulta que al haber estado 2 días de baja me han descontado esos 2 días en todos los conceptos de la nómina (Salario base, Plus convenio y Parte proporcional de paga extra), ¿sería esto correcto?
Por cierto estoy en el convenio de Consultorías.
Muchas gracias por anticipado