Alegaciones contra relación puestos de trabajo ayuntam

Buenas tardes,
Iré al grano: el ayuntamiento donde trabajo ha aprobado una nueva relación de puestos de trabajo en pleno. En el servicio que yo trabajo somos un técnico superior, uno medio (yo) y un auxiliar.Yo no estoy de acuerdo con las funciones que les han puesto a ninguno de los dos, puesto que no se acogen a las recomendaciones que existen a nivel nacional, y quiero presentar alegaciones.
Ahora bien, el puesto del técnico superior antes no existía porque la persona que lo ocupaba pasó a ser jefe de servicio y se eliminó el puesto que antes ocupaba de la RPT. Ahora se ha creado de nuevo, por dimitir de su cargo de jefe. Sin embargo, según el responsable de personal del ayuntamiento ellos le han dado la oportunidad de que él establezca sus funciones y son las que han puesto, y según él, si yo pongo alegaciones contra esas funciones - que son bastante pocas en relación a la responsabilidad que debe tener ese puesto- me podrían denunciar por mobbing. ¿Esto es así?.
Además, han eliminado el puesto de director de servicio con lo cual nuestro organigrama queda cojo, sin nadie responsable último de la planificación y coordinación del mismo. ¿También podría incluir eso en mis alegaciones?
Si puedes constestarme cuanto antes te lo agradecería porque tengo de plazo hasta el 2 de junio para presentarlas.
Gracias de antemano.