Contratos de 6 meses en diferentes empresas

Es probable que en este caso se trate simplemente de una sociedad de empresas. La ley establece que los contratos temporales (como imagino que es tu caso) sólo pueden tener una duración máxima de 6 meses en un periodo de 12. Llegados a este punto, sería necesario hacer un contrato indefinido, aunque en la práctica las empresas buscan cualquier sistema para evitarlo. En tu situación, parece que efectivamente, lo que han hecho es contratarte por otros 6 meses, pero por otra empresa, que seguramente será socia de la empresa para la que trabajabas antes. En principio, sería legal, pero tal y como tú dices, realizas las mismas funciones, con el mismo personal, en el mismo establecimiento... por lo que llegado el caso (cuando te despidieran ), tal vez podrías demandar el contrato alegando que existe una continuidad entre ambos, y que las empresas son en realidad la misma. En cualquier caso, te recomiendo que si tienes alguna duda, se lo preguntes directamente a quien te ha hecho el contrato, siempre y cuando esto no vaya a suponerte problemas, y en caso de que no puedas hacerlo, tal vez acudir a algún sindicato para que te informen.
Por lo que respecta a la retención de IRPF, los contratos temporales tienen establecido un mínimo de retención del 2%, y creo que tener 2 contratos o más en un mismo año, te obliga a hacer declaración de la Renta, aunque te recomiendo que lo consultes a un experto en el tema, ya que yo no estoy completamente segura.