Problemas de rodillas

Saludos, por favor necesito algo de orientación a cerca de un problema o molestia que ha empezado a aquejarme. Esto es un poco largo, espero que tenga tiempito. Mi nombre es Leonardo tengo 27 años de edad.
Primero déjeme contarle algunos "antecedentes" del problema y lo pongo así porque me parece que hasta HACE POCO es que comenzó el problema y de forma súbita. Desde el 2003 que practico artes marciales, y si en ocasiones mis rodillas se fatigaban pero nunca presentaban una molestia como hasta ahora. Noté el cambio después de una cirugía que tuve a principio de este año, nada que ver con las rodillas por cierto. Pero durante el tiempo de mi recuperación estuve una gran parte del tiempo recostado o sentado, supongo que ahí fue donde perdí tanto un poco de condición física como un poco de peso. Luego de que mi doctor me dio de alta totalmente, permitiéndome regresar a mis actividades físicas en función a lo que me aguante el cuerpo, antes de regresar a entrenar a mi dojo (gimnasio) decidí tratar de recuperar algo de condición física por mi cuenta; trabajaba diversos ejercicios en mi casa por periodos relativamente cortos, nada serio. De pronto un día sin mucho que hacer se me ocurrió salir a trotar para recuperar un poco de resistencia. No puedo decir exactamente cuanta distancia recorrí ni tampoco recuerdo muy bien el tiempo, de todos modos, me parecía que no me estaba esforzando mucho pues mi mismo cuerpo no me permitía recorrer más de 4 a 5 cuadras seguidas sin detenerme a continuar caminando. Todo parecñia normal, hasta que en el tramo de retorno digamos a la mitad de este, comencé a sentir una molestia en la rodilla izquierda, esta molestia sumada al cansancio de lo corrido antes redujo la cantidad de tiempo que podía mantener un ritmo de trote a distancias de máximo 2 cuadras.
Ahora a lo más reciente, desde hace dos semanas, en los sábados realizo instrucción en un grupo de salvamento y rescate, por el momento como parte del grupo inicial nos están entrenando en las normas de régimen interno, similar al militar aunque quizás no tan estricto. Nos tomaron una prueba física el primer día, y salí bastante bien en casi todo. Las ultimas pruebas eran velocidad en 100 mts y resistencia. En esta ultima comencé bien, debíamos hacer un recorrido de aprox 1.5 km en menos de 11 min. Pero pasados digamos 2/4 del recorrido volví a sentir la molestia en la rodilla. Con cada pisada de mi pie izquierdo un dolor en la rodilla izquierda que me obligaba a ir cada vez más lento hasta terminar caminando.
El pasado fin de semana, durante todo el periodo de instrucción, repetidamente nos vimos sometidos de forma constante a una serie de carreras no muy largas. Y durante los descansos sentía a mi rodilla izquierda bastante resentida. Déjeme explicar la zona más o menos exacta donde se presenta la molestia: de la rotula inmediatamente hacia abajo y de la linea media de la tibia, hacia afuera, casi hasta llegar al costado de la pierna.
La molestia fue luego apareciendo también en la rodilla derecha, pero con menor intensidad. Al terminar el día de instrucción, cuando me encontraba en un bus de transporte publico, al dejar mis piernas inmóviles en posición sentado por un buen tiempo, luego sentía un muy agudo dolor en las zonas descritas, al tratar de moverlas, especialmente al tratar de estirar la pierna. Al bajarme del bus, debía recorrer un par de cuadras para llegar a mi casa, y los primeros pasos que di fueron muy tortuosos.
Considerando todo lo que le explico, quisiera que me diera una opinión a cerca de mi caso. Tal vez por la ubicación del dolor y las posibles fuentes de origen del mismo, me podría indicar alguna posible anomalía que corresponda, y en lineas generales el tratamiento a seguir. Seguramente me va a decir que consulte con algún medico en la brevedad, y en eso estoy, aunque algo falto de tiempo. Pero quisiera escuchar algunas opiniones mientras tanto.
Gracias de antemano
Leonardo S.