A ver, pactar un salario neto no es buena idea aunque imagino que no te habrá quedado otra. Me explico, la empresa puede abusar y ponerte la retención al mínimo, así tu salario bruto será lo más bajo posible.
Ya que ya lo has pactado ahora lo que te interesa es que tu retención sea lo más alta posible, para que así tu bruto sea más alto de cara a tus cotizaciones para desempleo, jubilación, bajas médicas,... Y que Hacienda no te de un susto todos los años, sino que, a ser posible, te quedes a cero o mejor aún que te devuelvan. Así que lo que ahora te toca es negociar tu % de retención para irpf. Para que luego la empresa no "juegue" con ella para ir ajustando tu nómina según les convenga.
Te dejo un artículo en el que lo explican:
http://www.bolsamania.com/buscartrabajo/los-peligros-de-pactar-un-sueldo-neto/
No sé decirte que porcentaje es tu óptimo ya que depende de tus circunstancias, pero te puedes basar en tus nominas de otras empresas en las que hayas trabajado antes...