Depende, a veces salen por que ejercitas cuando has llevado tiempo sin ejercitar, en este caso no debes de dejar de entrenar, pero no puedes forzar, si fuerzas puedes lesiónarte, si dejas de ejercitar tu cuerpo se acostumbra otra vez a la ausencia de ejercicio y volverás a tener agujetas al practicarlo.
En cambio si tienes agujetas y eres practicante asiduo debes moderarte, por que eso quiere decir que tienes tu cuerpo un poco tocado y a lo mejor es mejor descansar un poco que volver a entrenar lo dolorido, en las pesas se suele entrenar músculos diferentes en diferentes días, para así poder dejar descansar el musculo trabajo un tiempo antes de volver a tocarlo otra vez
Por lo tanto no debes dejar de entrenar, pero si dosificarte y repartir el entreno para que una agujeta no acabe en lesión.
Todo depende de la magnitud del ejercicio y del dolor de las agujetas, si las aguantas, vale... pero andante con ojo