Estando de baja por ss como pasar a baja por riesgo laboral?

Trabajo en hostelería, estoy de 14 semanas de embarazo y actualmente de baja por seguridad social por migraña. La baja es de 58 días de momento, ya que no me pueden medicar y sufro migrañas muy fuertes. La empresa me comunicó que a la semana 20 tenía que coger la baja por riesgo embarazo.Estando de baja por la S.S., ¿tengo qué coger el alta dentro de 6 semanas para pasarme a la mutua? ¿Todo el papeleo se encarga la empresa o tengo que hacerlo yo? ¿A partir de que semana se tendría que empezar a tramitarlo?