No te preocupes, nada impide que la empresa te haga un contrato indefinido más adelante la indemnización tendrá que pagarle la que le corresponda en función a su salario y su antigüedad, de unos 20 días por año trabajado. Según me cuentas, no obstante sería interesante saber cuál es tu convenio colectivo.
Si la causa de la baja es un fin de contrato por finalización de la causa de contratación, o despido, no deberías de tener problemas con la prestación, desde luego tienes que saber, que al darte la carta de despido por causas objetivas (supongo) En el despido objetivo del artículo 52 ET, resulta imprescindible, y es requisito formal necesario para proceder a este tipo de despido, poner a disposición del trabajador, simultáneamente a la entrega de la carta de despido, la indemnización y finiquito correspondiente.