Anteriormente a la reforma laboral del 2012 tu por estar de baja no podías ser despedido, ya que te protegía la ley, pero a partir de ese momento se te puede despedir por el echo de estar de baja por enfermedad . Si que es verdad que la empresa a de justificar las causas que conllevan a despedirte, pero en caso de que se busquen alguna excusa para llevar a cabo el despido podrás impugnarlo mediante juicio siempre que lleves la documentación medica correspondiente ( estos juicios tienen una alta tasa de éxito de cara al trabajador ) .
De tal manera te diría que la salud es lo primero y que si te despiden, puedes tirar de recurso y obligarles a readmitirle como trabajador en plantilla de la empresa .
Yo estuve en un caso muy similar causado por un accidente de coche, estuve 2 semanas de baja y tenia un contrato temporal ( si eres indefinido lo tienen muy jodido para echarte, al ser temporal pueden eliminarte con facilidad ) . La empresa espero a que volviera al trabajo, insistiendo-me reiteradas veces de coger el alta y a los 3 días de volver me dijeron que no rendía como antes y que decidían echarme .