Tengo una duda sobre una baja laboral por operación

Me van a operar del túnel carpiano por la seguridad social. Ya estoy en lista de espera . Me he enterado de que es admitida como enfermedad profesional (trabajo en una industria cárnica). Se lo comenté a mi médico de cabecera y me dijo que siguiera adelante con la operación que ya era mucho lío ir a la mutua, la empresa me dijo lo mismo. Que puedo hacer ya que no es igual cobrar por baja laboral que por enfermedad...