Lo primero recomendarle se ponga en manos de un experto que les estudie su caso concreto. Y que conozca la fiscalidad foral.
La ganancia patrimonial generada por la transmisión de la vivienda habitual por personas mayores de 65 años está exenta. Esta exención será de aplicación a los primeros 400.000 euros de ganancia derivada de la transmisión de la vivienda habitual y para una única trasmisión.
En cuanto al valor de compra, parece que su madre tiene un 50% por gananciales y por lo tanto el valor será el de la escritura de compra más los gastos que le correspondan a ese 50% de notario, registro, impuestos.
En cuanto al valor de venta, será el mayor de los valores de venta (en escritura), el valor fiscal (conforme a tablas de su comunidad) o el valor de mercado (ojo si el comprador lo hace con hipoteca pues ese será el valor). Pero por lo que indica estará exenta.
En cuanto a su usufructo y la nuda propiedad de usted, los valores de compra serán los de la escritura de adjudicación de herencia más la parte proporcional de gastos como notario, impuestos, registro... Y la venta habrá que calcular el valor del usufructo a fecha de hoy, para saber el valor de su nuda propiedad, teniendo en cuenta lo que ya le hemos indicado en cuanto a valor de venta (venta, fiscal, mercado).
El dinero de su madre es de ella y el de usted de usted. Si compran una nueva vivienda el dinero que le de su madre a usted o si la pone directamente a su nombre, será una donación y se tributa por ello conforme a la normativa de su comunidad autónoma.