I. Hola Edu, por mi parte no soy conocedor, pero si el punto/zona oscura o negra se encuentra en la mucosa de la boca, -no en la encia-, el motivo más frecuente es un hematoma provocado por nuestra propia mordedura, aquí el experto El Observador trata el caso, que por ejemplo a mí me ocurrió varias veces
Tengo un punto negro en la boca
En caso de encontrarse en la encia, tan sólo odrían ser 'micro coágulos' de sangre anterior, (sangre seca, ya acumulada proveniente de cepillados anteriores), se soluciona por ejemplo modificando nuestra técnica de cepillado, -con mayor suavidad y utilizando una distribución distinta-, algo de información
https://www.propdental.es/dentista/punto-negro-en-la-encia/
http://www.carmonadental.com/es/noticias/item/33-mis-encias-sangra-a-que-se-debe.html
Una posibilidad más remota e inusual es una acumulación de sarro negro,
https://www.adeslasdental.es/sarro-negro-causas-eliminar/
Siento no saber más, cualquier otro dato que pueda ser de valor, por favor díganoslo, para que un compañero conocedor pueda orientarle, mucho ánimo.