Como tributa venta de casa con porcentajes distintos

Les expongo la situación. Vamos a adquirir una vivienda de nueva construcción mi mujer y yo los cuales estamos casados en separación de bienes. Cuando firmamos el contrato de compraventa no dijimos que compramos con porcentajes distintos. Pensábamos que eso se hacia en escritura de compraventa y no antes, ahora nos hemos enterado que tenia que haber sido antes.

Dicho esto, me han comentado que ahora es mas complicado para hacer la partición y que se puede hacer algo mas fácil a través de los prestamos entre particulares de forma que cada uno pague la porcentaje acordado.

Hecho esto, y visto que si no se cobra interés por el prestamista no hay gravamen fiscal aunque si haya que declarar el préstamo ante hacienda. La pregunta seria la siguiente.

En el caso de venta de la vivienda ya que no estipula nada la escritura que haya porcentajes diferentes de la propiedad del 50%. Como se puede realizar dicha distribución y en ese caso como afecta fiscalmente a las dos partes.