Es que la forma más correcta es cruzaros facturas. Él te factura a ti su material y tu a él el suyo, y el coste para el cliente es la diferencia.
La opción que apuntas de hacer importes negativos tiene que quedar muy documentada, y no sé hasta que punto no te echarían para atrás la factura en caso de una revisión de la Agencia Tributaria. Me explico: siguiendo tu ejemplo, tu le debes facturar 1000, y el te proporciona material por valor de 200, lo que tú haces es facturar por 1.200 tu trabajo (incorporas el coste del material que te proporciona el cliente) y después haces una linea en negativo de -200, de forma y manera que el resultado a cobrar son los 1.000 que tu debes cobrar desde un principio. Pero un tercero, que no sabe de esta misa ni la media, solamente ve un importe facturado y una linea de abono sobre un producto que a ti no te ha entrado y que tú no has facturado con anterioridad. Contarás la película y lo que pensará el inspector de Hacienda, que son muy mal pensados, que lo que quieres es dejar de liquidar el iva de los 200 euros que abonas.
Mira, lo mejor es siempre que cada cual tenga sus cosas claras. Y, por supuesto, deben existir albaranes de toda la mercancía que viaje, eso sí.
No se si te estoy ayudando, porque en definitiva lo que te estoy diciendo es que no hagas lo que te han dicho que debes hacer...
Ya me cuentas