Declaración de impuestos de un taller que no lleva contabilidad

Hace dos meses empece a trabajar en un taller industrial que lo cambiaron de régimen cuota fija a régimen general recaudador de impuestos, soy licenciada en economía pero tengo conocimientos de contabilidad, por la necesidad laboral y económica tome el trabajo que es propio de contador no teniendo todos los conocimientos, pero me estoy encontrando con algunas dificultades, no se llevaba control de nada no había contabilidad así que inicie recopilando la información, tengo que elaborar catalogo de cuentas, ya levante una base de datos de las ventas de todo el año pero los gastos solo los tengo a partir de octubre2013, y tengo que elaborar estados financieros para hacer la declaración anual, el caso es que no tengo manejo de las cuentas bancarias y el dueño del taller todavía esta reacio a dar información a un 100%, ya tengo gastos de combustible, compras de insumos, pero me encuentro que no se esta reteniendo, tengo facturas de compras a ferreterías que son cuotas fijas y sobre pasan los mil córdobas que lo estipulado en LCT de Nicaragua es el mínimo para aplicar retención.

El taller se dedica a elaborar piezas de hule y bronce para el sector industrial. Aquí se fabrica piezas para maquinarias agrícolas, de riego (empaques de hule).

El propietario se dedica a otro negocio también y quiere incluir gastos del otro negocio al taller.

Como puedo poner orden y llevar un buen control. Quiero levantar la contabilidad con todos los controles internos que se tienen que llevar pero no se como hacerlo, que actitud debo presentar ante mi jefe para que pueda concientizarse y empezar a organizar toda la información.

También tengo duda si compro por ejemplo un tanque de gas a una pulpería que es cuota fija y el valor de este es 1,200 córdobas tengo que aplicar retención tomando en consideración que todo se paga de contado . Y cuando existen facturas de combustible por mas de mil córdobas también se retiene, que se hace con el combustible.

Espero puedan ayudarme, necesito el trabajo y quiero hacer las cosas bien, quiero tener la satisfacción que hago un buen trabajo y gracias para quien pueda responderme