En el caso de que os separarais deberíais hacer un convenio regulador en el que se estableciera cual de los progenitores se que da con la custodia, o si os la quedáis los dos eso lo podéis decidir vosotros.
Lo normal es que el progenitor que se queda con la custodia de los hijos se quede también con el uso y disfrute de la vivienda familiar, pero podéis pactar otra cosa.
En cuanto a la pensión, no se pasa al cónyuge o a la ex pareja, es progenitor que tenga la custodia deberá hacerse cargo del pago de parte los alimentos de sus hijos y por lo tanto deberá pasarles una pensión. Si escogieseis custodia compartida, los dos pagarais pensión de alimentos durante el periodo que los niños estén con el otro progenitor.
El convenio lo podéis presentar ante un Notario, o en el Juzgado para que os lo homologuen, en ese caso necesitara la aprobación del ministerio Fiscal, que no tiene por que negarse.