Calculo baja it

Te cuento a ver si me podes ayudar:
Desde el pasado 20 de octubre estoy de baja por enfermedad común (estoy de 30 semanas de gestación y mi medico cree que tengo riesgos de aborto)
El cree que no debería volver a trabajar, de hecho, en el parte medico incluye en DURACIÓN PROBABLE DE BAJA: 45 días
¿En la nomina del mes anterior (septiembre) mi salario base era de 1.638,39? Y un neto total de: ¿1.733,53?
Este mes (octubre) mi salario base baja a: 983,03 y un neto total de: ¿1.306,17?
En mi Convenio XV Convenio colectivo nacional de empresas de ingeniería y oficinas de estudios técnicos, en el Artículo 29. Prestaciones por enfermedad y accidente de trabajo, dice:
2. Las empresas afectadas por este convenio, desde el quinto día de la correspondiente baja, inclusive, en enfermedades de más de 30 días de duración, complementarán las prestaciones económicas de la Seguridad Social de la incapacidad temporal (IT) por enfermedad o accidente de trabajo hasta el 100 por 100 del salario durante un plazo máximo de doce meses a partir de la baja.
Mi pregunta es: ¿Cuándo se hace efectivo el 100% de mi salario? ¿Por qué no se aplica a partir de este mes cuando el parte medico así lo prevé? ¿Es posible solicitar rectificación a la empresa/asesoria? Cuando? ¿Este mes o lo compensarán el próximo?