Control horario

Buenos días. En principio pedirte disculpas si mi pregunta no está dentro de tu campo, pero no encuentro nada sobre derecho público y veo que por tu experiencia quizás puedas ayudarme. Mi consulta es la siguiente:
Soy funcionaria de la admón. Local y próximamente van a implantar un sistema de control de horario de a través de la huella dactilar. En principio el tema del control no lo vemos mal (ya sería el 3º que implantaran), lo que vemos mal es que no sería para todos los empleados municipales, pues sería sólo para los que trabajamos en el edificio en el que está el Ayuntamiento, dejando fuera el resto de las instalaciones: policía local, brigada de obras, jardines, cementerio, ciudad deportiva, plaza de abastos, universidad popular, etc... E incluso dentro del mismo Ayuntamiento habría algunos "privilegiados", o dicho de otro modo, el personal de confianza, tampoco tendría que fichar porque ellos son "distintos".
En un organismo público ¿pueden controlar el horario de unos pocos y de otros muchos no? ¿No debemos tener todos los mismos derechos y obligaciones?
Gracias tanto si puedes ayudarme como si no y un saludo