Empresa y alquiler de local

Empecemos por tu ultima pregunta.
Si eres el único socio y obtienes rendimientos regulares de la Sociedad deberás cotizar a la Seguridad Social de forma obligatoria, y vía Autónomo, para que tus ingresos tengan condición de gastos deducibles para la Sociedad, y aunque delegues/contrates la gestión diaria del negocio en otra persona/sociedad: no es posible cotizar por Régimen General.
Si no recibes de la Sociedad más que la distribución de beneficios (después de que la Sociedad ya haya pagado su Impuesto Sociedades=IS), sin que recibas ni un euro más por ninguna otra vía, no tienes que pagar ninguna Seguridad Social, tampoco la de Autónomos. Esto puede levantar sospechas de irregularidades por tu condición de socio único: pero si no hay nada que ocultar, no hay nada que temer, dado que se puede demostrar.
Respecto al local y la recuperación del IVA, solo podrás deducir el IVA de la compra del local si lo adquire la Sociedad y lo afecta a la actividad, es decir, la amortización del local y el IVA de su compra se deducirán en IS/IVA, respectivamente, en función de su afectación al negocio, en la medida que contribuya a generar rendimientos/ingresos que suman en la base imponible del IS, y que en tu caso resulta del 100%, todo deducible.
Sin embargo, de figurar como propietario una persona física, el IVA de la compra muere con ella, no se puede recuperar, se consume.
Sí que podría la Sociedad deducirse el IVA del acondicionamiento, claro que sí, en la medida que el local cumpliera su función generadora de los ingresos que ya hemos comentado.
Puntualizar también que el alquiler entre persona física y Sociedad, seria gasto deducible para la Sociedad, sí, pero a su vez seria ingreso tributable en IRPF para la persona física que actuara de arrendador, o sea, vosotros mismos.
No alcanzo a ver ventaja alguna en que el local este a nombre de persona física, ni al tuyo ni al de tu esposa.
Es cierto que si el local estuviera a nombre de la Sociedad, tendría la Sociedad que sufrir un posible embargo si entrara en responsabilidad frente a terceros (bancos, proveedores, etc ...), es decir, si la Sociedad no pagara sus deudas o cometiera negligencia en la prestación de sus servicios (hay seguros que cubren esto). Pero, ¿va a ser ese vuestro caso?, ¿Pensáis qué os va a ir mal el negocio? Si es así, lo más prudente es no poner el negocio en marcha: hay que tener cierta seguridad con el producto a vender, y cómo venderlo bien, para que los ingresos sean suficientes para cubrir los gastos, y que quede al menos lo suficiente para llevar una vida digna. Si no es así, si no esta planeado e interiorizado de esa forma, lo aconsejable es trabajar por cuenta ajena (aunque conlleve el riesgo de quedarse en paro, y de que el paro también se acabe) y aceptar las pautas de un jefe, lo contrario a la búsqueda continua de la excelencia para con los clientes, requisito indispensable cuando uno es su propio jefe y no quiere o no puede permitirse perder en el intento.
Desconozco el motivo por la decisión de no incluir el local como activo de la Sociedad, cuando la Sociedad tiene perfecto derecho a deducir el IVA de la compra, y también la ayudaría en conseguir mayor crédito bancario.
Por favor, te agradecería me facilitaras opinión o hecho que os haya llevado a ver la conveniencia de que el local este a nombre de persona física: bienvenida por supuesto toda información que me sirva para a ampliar/mejorar mis conocimientos.