Irpf aplicado en nomina

Hola, Tengo un cuñado que está fijo como encargado en obras publicas con una empresa, siempre le han estado reteniendo sobre un 12% en el irpf, pues a partir de junio de 2008 empezaron a retenerle un 3%, posteriormente un 2,8% hasta que a día de hoy en la última nomina de diciembre de 2008 no le han retenido nada. Lo único que ha cambiado durante el 2008 es que su mujer tuvo un contrato de 9 meses de 40 h. Semanales, cosa que no cree que tenga nada que ver para la bajada del irpf aplicado. Tienen 2 hijos y pagan hipoteca. ¿Es normal que ahora no le hayan retenido nada? ¿Es legal eso? ¿Cómo podría informarse mi cuñado de que porcentaje deberían aplicarle? Pues le han dicho que la empresa no tiene obligación de pagar el irpf.
Muchas gracias anticipadamente, un saludo.