Pues primero de todo hay que saber si la vivienda es tuya o no, y para eso yo me fijaría en si te la han entregado y por tanto ya habitas en ella o todavía no. Si es así yo creo que no perderás lo que hayas ya pagado (cuenta vivienda, resto del primer pago y gastos de compra). Asimismo lo que te quede por pagar también podrás deducírtelo lo paguen cuando lo pagues.
Ahora bien el funcionamiento de la deducción es el siguiente. Cada año solo puedes deducirte hasta un total de 9000 euros cada uno de vosotros y para eso tienes que haber pagado precio de compra o gastos de dicha compra con tu propio dinero o bien pagar la hipoteca al banco. Con esto quiero decir que si por ejemplo compras tu casa de 100.000 euros en un solo año con dinero ahorrado solo podrás aprovecharte de 18.000 euros (9.000 cada uno) pero el resto lo pierdes por que lo has pagado todo en un año. De ahí que los bancos se hayan forrado con esta deducción dado que gente incluso con ahorros les podía compensar dejar los ahorros en el banco obtener un interés y por otro lado pedir un préstamo hipotecario al banco por una parte del precio. De esta manera casi no perdías mucho en tema de intereses (cobrados de los depósitos frente a los pagados del préstamo) y además aprovechaba el 15% del total que pagaba de préstamo. Digámoslo así para poder aprovechar el 15% del precio de compra de tu casa has de pagarlo a plazos durante mucho tiempo teniendo en cuenta que cad año solo puedes aprovechar 18000 por pareja. Esto es lo que has de valorar respecto del segundo pago que te queda, si pagarlo y dejarte de prestamos y bueno solo aprovechar 18000 euros o no.
Si realmente todavía no fueras poseedor del piso y tuvieras las llaves en el momento del segunda pago creo que tienes que adelantar el pago ya en 2012 y hacerte con el piso definitivamente. Creo que lo importante es que seas poseedor de la cosa no que hayas firmado una escritura en la que os comprometéis a pagar y a entregar una casa en una fecha p´roxima. Entiendo que tu caso es el primero por que el segundo me suena muy raro.