Esta cuestión es algo compleja en ocasiones, y por lo tanto debería ponerse en manos de un experto que le ayude con su caso concreto.
Si una asociación, realiza una actividad económica, como puede ser, gestionar un bar, publicidad, etc. si la actividad no esta exenta, esto significa que ha de liquidar IVA con Hacienda, similar a como haría una empresa, pero con regla de prorrata, pues también tendrá una actividad asociativa exenta.
En cuanto al pago en las facturas de gasto de la asociación, como cualquier persona o empresa, ha de pagar su correspondiente IVA, otra cuestión es que sea deducible si realiza actividad económica.