Cual es la relación entre Freud y Descartes

En relación a la última parte de tu pregunta, sobre la ciencia moderna, en mi opinión estamos en un momento en que todo es arriesgado, ya sea para negar o afirmar nada. No hay una postura oficial sino que a nivel individual cada profesional o pensador mantiene sus propias convicciones sobre lo que sigue siendo vigente y lo que no.

La pregunta es complicada, aunque intuyo que lo que planteas es si la razón tal como la entendía Descartes, se limita a la parte del cerebro que Freud llama Consciente.

Descartes considera que la razón se caracteriza por el lenguaje, el cual es prueba de que hay pensamiento. El subconsciente para Descartes, supone la lacra de la que hay que librarse de una vez por todas. El problema de la fe es que se basa en el subjetivismo, y es lo que desde la antigüedad ha venido sustentando a la religión. El problema del subjetivismo es que cualquiera puede adueñarse de él y utilizarlo como forma de dominio. Descartes se propone acabar con el subjetivismo y dar a la fe, un nuevo instrumento para creer en Dios, la razón. No se puede discutir un dogma, pero sí se puede discutir la razón. Esto hace que la razón cobre un valor importante para ordenar la sociedad. La razón es pues lo que se impone. La razón es consciente, se puede transmitir y trabajar con ella para distintos fines. Así, desarrollar su Discurso del Método, obra donde no solo se recoge su pensamiento, sino su raciocinio.

Freud en cambio, tiene otros problemas, a él le interesa estudiar el comportamiento humano y para ello empieza a diseccionar el cerebro a partir de sus funciones y así identifica las distintas partes donde la razón como lenguaje, ocuparía el consciente. Sin embargo hay que tener en cuenta que todas las partes están interconectadas por lo que, lo que aflora en el consciente en realidad es producto de lo que se encuentra en el subconsciente.