Es difícil contestar a tu pregunta: En primer lugar no dices que antibióticos son, ni que concentración principalmente. Ni para que es el tratamiento. Según para lo que sea, a veces no hay mas remedio que "dar caña" a fin de erradicar la enfermedad y poner luego, si procede algún tratamiento recuperador, además del protector gástrico, buen detalle del profesional para ayudarte. También ayuda la toma de yogures o leche fermentada para reponer la flora intestinal.
No digo todo lo anterior por saberlo que conste, que no me importa, sino por hacer notar la circunstancia y su dificultad.
Hay algunos antibióticos llamados popularmente "detergentes" porque lo "limpian todo" lo bueno y lo malo, dejándote para el arrastre. Otros no tanto. En general todos los antibióticos te "comen", dependiendo de la dosis, duración y concentración. Para eso está el médico.
Sin embargo, imagino que ese tratamiento te lo habrá puesto un médico. No creo que te lo haya puesto "así por las buenas" a riesgo de ponerte peor. Siempre se comparan los beneficios y el perjucio que pueda ocasionar.
Nadie mejor que el mismo que te los recetó, para que sin complejo ninguno, lo llames o te pongas en contacto, exponiendo tus dudas y te aconseje. Para eso están.