Más allá del tema del crédito hipotecario, el motivo fiscal que le indican se debe a que fiscalmente una cuenta (o cualquier otro producto financiero) que tenga dos o más titulares se considera que pertenece a partes iguales a estos titulares, y por tanto, cualquier impuesto que exista sobre esa cuenta debe declararse dividido entre los titulares (es decir, si alguno de los titulares tuviera que hacer declaración de patrimonio tendría que declarar su parte correspondiente y lo mismo sucedería con los intereses que se cobraran en la declaración de la renta).
En caso de eliminar un titular, el problema fiscal que le comentan es que de repente el 100% del dinero que hay en la cuenta pasaría a ser de uno de los titulares, con lo que se habría hecho, de forma encubierta, una donación de la mitad del importe de uno a otro titular, sin pagar ningún impuesto sobre dicha donación.
Lo que no entiendo muy bien es el tema con el crédito hipotecario. En mi experiencia (aunque hace ya unos años que estoy fuera de la red comercial de un banco), lo que hacíamos era, una vez extinguido el condominio y hechas las modificaciones en el préstamo y en la vivienda (yendo al notario para modificar tanto la propiedad del bien como el préstamo, etc) para que se quedara a nombre de uno de los titulares, modificábamos la cuenta donde se realizaba el cobro a una cuenta nueva con un único titular, el que se quedaba con la vivienda y el préstamo. Luego, una vez los titulares hubieran hecho el traspaso/transferencia del saldo a sus respectivas cuentas y ya sin que hubiera ningún préstamo/tarjeta/recibo/nómina etc asociado a esa cuenta, se procedía a su cancelación. Pero, sí, como le comentan, no se eliminaba a un titular a las bravas de una cuenta.