Plantea usted diferentes cuestiones. En primer lugar, solicite un certificado de matrimonio con el fin de comprobar que efectivamente no están inscritas las capitulaciones matrimoniales. Hay ocasiones en las que los notarios, como servicio que prestan a sus clientes, suelen remitir los documentos al Registro. De no estar inscrita, proceda a inscribirlo directamente, no hay ningún problema.
¿Qué consecuencias tiene que no estén inscritas? Entre usted y su mujer, absolutamente nada, están en régimen de separación de bienes, tan solo afectaría a terceros acreedores, puesto que al no haberlo inscrito y, por tanto no ser público, no se puede oponer frente a terceros desconocedores de su régimen económico. Por lo tanto, en definitiva, ustedes están en separación de bienes a todos los efectos.
En cuanto a quien debería abandonar el domicilio, la ley no establece absolutamente nada al respecto. En caso de no llegar a ningún acuerdo respecto de las medidas paternofiliales a tomar en caso de disolución del matrimonio, sería el juez quien decidiría. En este sentido el uso y disfrute del piso se adjudica siempre al menor ( independientemente del régimen matrimonial), y por añadidura al progenitor custodio. Esto es así puesto que se trata de proteger siempre el bien jurídico más necesitado de protección, y en estos casos siempre van a ser los menores.
Le recomiendo que, en caso de disolución del matrimonio, traten de llegar a un acuerdo en relación a la vivienda.
Sometiendo esta respuesta a una mejor opinión fundada en derecho.