Baja laboral

El procedimiento en caso de accidente laboral es que el mismo día del accidente te den la baja, ese día lo cobras como trabajado y a partir del siguiente comienzas a cobrar el subsidio por accidente laboral hasta que te dieran el alta.
El subsidio te lo adelanta la empresa y esta se lo descuenta a la mutua o a la seguridad social, según lo tenga contratado.
Tu deber es dar el parte a la empresa, como hiciste y el de la empresa es el de comunicarlo a la mutua o seguridad social.
Por lo tanto el error es de la empresa y debe ser esta quien se lo tenga que reclamar a su mutua, a ti deben pagarte el subsidio y en caso de no pagarlo deberías demandar a la empresa.

Para empezar lo que esta mal es que por un accidente laboral te haya dado la baja la seguridad social, cuando a quien corresponde en estos casos es a la propia mutua la que tiene que formalizar directamente los partes médicos de baja, de confirmación de baja o de alta. La obligación de la empresa era haberte enviado a la mutua para la correcta tramitación de la IT derivada de accidente de trabajo. El incumplimiento por parte del empresario de sus obligaciones no puede afectar al trabajador en ningún momento, siendo la responsable subsidiario la empresa de las prestaciones económicas.
También aclarar que la prestación de IT por accidente laboral no es del 100% del salario salvo que así se establezca en convenio colectivo o que la empresa libremente lo mejore a sus trabajadores. Por lo tanto la mutua en todo caso se haría cargo sólo del 75% del salario que es la cuantía de la prestación en general.