Descuento en paga extra los días de IT

El criterio general es otro del que tu comentas. Es este:
En caso de enfermedad común y accidente no laboral:
60% desde el día 4 hasta el 20 inclusive de la baja
75% desde el día 21 en adelante (hasta el final de la incapacidad temporal o hasta su declaración a incapacidad permanente)
En caso de accidente de trabajo y enfermedad profesional:
75% desde el día en que se produzca el nacimiento del derecho.
Esto es lo establecido como generalmente, pero tu convenio colectivo puede indicar otras clausulas o porcentajes distintos. Pero nunca menos que esos. Si me dices que convenio se te aplica y de que provincia te podría ayudar mejor.
En base a tu ultima pregunta.
Cuando estas en IT se descuentan todos los días de paga extraordinaria ya que si no se descontaran te la estarían pagando doble, por lo que es normal que si tienes las pagas prorrateadas y entras en baja este concepto desaparezca de la nomina, ya que para calcular la prestación por IT se usa la base de contingencias comunes del mes anterior en la que ya están incluidas el prorrateo de pagas extraordinarias, por lo que si ademas de pagarte la prestación por it te pagaran también la prorrata de pagas extraordinarias te la estarían pagando doblemente, una en la cuantía de la prestación al estar incluida la paga extra al usar como base de calculo la base del mes anterior donde esta, está incluida y otra en la nomina del mes.

Estoy de acuerdo en todo, el convenio del que estamos hablando es el XII Conv de atención personas con discapacidad intelectual, en su art. 76.2 dice "En los supuestos de Incapacidad Temporal por enfermedad común percibirán hasta el 100% de su retribución mensual ordinaria.
De tal modo que el empresario abonará como complemento salarial el 100% de la retribución de los tres primeros días de baja por I.T., y completará como complemento salarial hasta el 100% de la retribución ordinaria desde la cuantía que se fije del subsidio para el periodo de I.T desde el 4.ºdía hasta el día 30 de baja por Incapacidad Temporal."
Mi duda esta en que si un trabajador con 60 días de baja por enf. común, en la paga extra hay que descontarle los 60 días o solo 30, y si hay alguna norma o jurisprudencia que lo justifique.
Saludos