Impuesto de Sociedades, IAE

Si existe diferencia entre estos dos impuestos, por completo. El IS es un impuesto directo que grava el beneficio de las empresas obtenido con fecha 31/12 de cada año, y que se liquida en los seis meses posteriores a dicha fecha, teniendo como limite hasta el 25/07 del siguiente año. El IAE es un impuesto directo también que grava la actividad de cada empresa y también es de devengo anual, pero no grava los beneficios de esta, sino su actividad.
Con respecto a la otra pregunta que me haces hace muy poco (este fin de semana) he contestado una pregunta muy similar a la tuya, y para una simulación de 150.000 euros de facturación salia más beneficioso tener una nomina para el administrador, siendo tu caso muy parecido. También comentaba que como más beneficioso salia es como empresario físico excluyendo la SL, aunque no hay que elegir la forma jurídica de trabajar solo por un beneficio fiscal.
Lee esta respuesta que le di a otro usuario y si tienes alguna otra duda preguntame y te resuelvo.